La version OS est semblable à une version Windows 7 ou Vista par exemple. Pour la connaître, dirige-toi dans Menu / Paramètres / A propos du téléphone et tu sauras ainsi sous quelle version Android tourne ton appareil

Concernant la ROM, il s'agit en fait du firmware, le système d'exploitation de l'appareil, par laquelle tu peux bénéficier de différentes fonctions selon la version utilisée, et qui gère également l'interface graphique (celle de Bouygues en ce qui te concerne).
Un appareil "nettoyé et vidé" ne modifie en rien ces données. Il reviendra en configuration usine mais conservera toujours sa version et son interface opérateur. Si modifier la page d'accueil de ton navigateur Internet peut se faire très facilement en allant dans Menu / Paramètres lorsque tu lances le navigateur, il en sera différent pour supprimer l'interface générale Bouygues. Pour cela, il faudra mettre un peu les mains dans le moteur (voir par exemple ce sujet :
http://forum.frandroid.com/topic/34682-root-galaxy-spica-21-bouygue-help/).